巨文岛在历史上有巨磨岛、巨门岛、巨岛、安岛、三岛、三山岛等多种名称。在朝鲜王朝时期即被明确列入全罗道海防范围。近代以后，巨文岛就因其重要的战略位置而逐渐被注意。1845年，英国海军军官爱德华·卑路乍（Edward Belcher）奉英国海军部办公厅主任汉密尔顿（W. A. B. Hamilton）之命调查该岛，因此为纪念汉密尔顿将巨文岛命名为“汉密尔顿港”（Port Hamilton）。1854年与日本交涉开国的俄罗斯帝国普提雅廷（Е. В. Путя?тин）舰队曾一度驻留巨文岛，甚至与岛民发生冲突。
1885年4月，英国为牵制俄国在亚洲的扩张，出兵占领巨文岛，是为“巨文岛”，因而使巨文岛受到全世界的瞩目。后来在朝鲜及其宗主国——中国清朝的艰难交涉下，英军在占领巨文岛22多个月后的1887年2月底撤出。而巨文岛则得名也缘于这次。据岛民传说，1885年5月清朝统领水师提督丁汝昌偕朝鲜官员严世永和穆麟德来巨文岛与英国交涉，丁汝昌因言语不通，用汉字与岛上居民进行笔谈。据说进行笔谈的是儒学者金浏或金阳禄，但金浏已在巨文岛发生前的1884年去世了，而据一些当事人回忆金阳禄虽然在座但没有与丁汝昌笔谈，而是由西岛里的里长金贤喜与丁汝昌笔谈的。当丁汝昌写道“贵下何岁也”的时候，金贤喜写“我岁怊怊四十也”以回复之，丁汝昌看后大惊，没想到这样偏僻的小岛上的居民还如此有文，经过丁汝昌与岛民的交流，对巨文岛的文化水平赞叹不已，因此丁汝昌向当时的国王朝鲜高宗建议统一以“巨文岛”为名称，以彰显该岛厚重的文化底蕴。
巨文岛平息之后，朝鲜开始注意到巨文岛的重要性，并在英军撤离之后立刻设置经略使，以加强对巨文岛的管辖。 大韩帝国时期又在巨文岛设置灯塔、炮台。朝鲜日治时期，日本人开始开发巨文岛，促进了巨文岛的现代化。1951年《旧金山对日和约》缔结时，鉴于巨文岛的重要性，在条约内写入日本放弃的土地别强调了巨文岛。巨文岛在行政上隶属于大韩民国全罗南道丽水市三山面。
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